Les rescapés de la Matrice ont élu refuge dans la cité souterraine de Zion. Ils n'y sont toutefois que très provisoirement à l'abri. Des machines grignotent inlassablement le terrain, prêts à fondre sur Zion. Morpheus et Neo guettent le signe de l'Oracle qui lui montrera le chemin à suivre. Enfin l'Oracle, qui n'est qu'une vulgaire erreur de programmation, n'en parle pas moins. Neo connaît désormais sa mission : retrouver le Maître des Clés, prisonnier d'un autre programme, le Mérovingien. L'Oracle s'éclipse, pour laisser place à des dizaines de Mr Smith que Neo combat. Quatre ans après le succès et l'énorme phénomène de mode que constitua le premier Matrix, les Wachowski lançaient une suite très attendue.